Abordaremos a influência da navegação de cabotagem na ocupação da Ilha de Santa Catarina.
A ilha de Santa Catarina, com suas duas baías, sempre foi um abrigo natural para a navegação dos tempos coloniais. Disputada por portugueses e espanhóis, sua ocupação oficial ocorreu em 1673 pelo bandeirante Francisco Dias Velho, com a fundação do povoado conhecido como Vila de Nossa Senhora do Desterro.
Atualmente, Florianópolis, em homenagem forçada ao Floriano Peixoto, é uma cidade voltada para a atividade terciária como comércio, governo, turismo, saúde e educação. O município conta com cinco universidades e não abriga mais um porto comercial.
O relatório do Departamento Nacional de Portos e Navegação descrevia assim o Porto de Florianópolis nas primeiras décadas do século XX:
O Porto de Florianópolis fica localizado em frente a cidade e a ele se tem acesso através dos canais Norte e Sul, ligados pelo Estreito de Santa Catarina, o qual separa a ilha desse nome do continente. Em volta da baía Sul se localizou o comércio com seus trapiches, sendo aí que há muito tempo foram iniciados os melhoramentos do porto, em forma de cais que permitem a acostagem de embarcações de até dois metros de calado e que é conhecido com a denominação de Cais da Prainha. A preferência por outros portos do Estado, de interesse comercial muito maior relegou ao abandono as obras do porto da capital. É assim que, ainda hoje, a operação de descarga dos navios se faz em pequenos trapiches de madeira, mais ou menos bem construídos e pertencentes às companhias de navegação.
A Empresa Nacional de Navegação Hoepcke tinha o Porto de Florianópolis como sua base principal. Além dos trapiches e armazéns, o Porto também possuía um estaleiro denominado Arataca, para reparo e manutenção de sua frota de embarcações.
O Porto de Florianópolis era essencialmente importador de carga geral, ferramentas, máquinas, combustível e alimentos para o abastecimento da capital e das vilas próximas por meio da navegação pelas baías Norte e Sul. O carvão era desembarcado na Ilha do Carvão e o combustível na Ponta do Coral, parte insular, e na Ponta do Leal, parte continental. A exportação era basicamente farinha de mandioca, banana e madeira, esta última embarcada no cais do Estreito do continente, onde hoje é um porto pesqueiro da Pioneira da Costa.
A última tentativa de construção de um porto comercial em Florianópolis foi feita na década de 1950 pelo Departamento Nacional de Portos e Vias Navegáveis (DNPN). O projeto previa a construção das instalações portuárias na enseada da Praia da Armação, do lado continental, hoje município de Governador Celso Ramos.
Entretanto, o desenvolvimento dos cruzeiros de turismo no Brasil fez renascer o desejo de a capital catarinense ter um porto, agora para passageiros. Atualmente, os transatlânticos que fazem escala na Ilha de Santa Catarina ficam fundeados ao largo da Praia de Canasvieiras. O desembarque dos passageiros é feito pelos tenders do próprio navio até o trapiche na referida praia.
O projeto do Porto Turístico Internacional de Santa Catarina em Florianópolis, de acordo com reportagem de PortoGente, prevê a construção das instalações portuárias e do terminal de passageiros na Baía Norte na cidade de São José, antiga povoa de São José da Terra Firme por se localizar no continente.